中心擘劃船舶營運與航行安全管理、培育專業探測與維運團隊、探測標準與品質管理、國家船模實驗室船模研發與精密製造、船模實驗設計與執行、核心專業人才培訓等六項中長程營運發展藍圖，待國家船模實驗室完工，整合國立成功大學船舶性能試驗拖航水槽、國立臺灣大學拖航水槽、國立臺灣海洋大學空蝕水槽及國立中山大學水下載具技術，串連頂尖學研量能，完成船舶自主設計與全尺度船模試驗關鍵技術拼圖，強化造船業競爭力與國防自主量能。