為有效掌握三棘鱟族群量，海保署自112年起委託國立中山大學，並與金門縣水產試驗所、水試所澎湖中心合作，運用標識再捕法，並配合族群估算公式進行分析。調查分析結果顯示，金門縣約有63,588隻成鱟與205,178隻稚鱟，澎湖縣則約有1,699隻成鱟與16,840隻稚鱟，為主要的三棘鱟棲地。