除疫情期間外，小琉球登島遊客年破百萬，雖帶來觀光財，也衝擊環境生態。縣府2019年起委託中山大學海洋事務研究所調查，發現在觀光發展和氣候變遷下，潮間帶海洋生物明顯衰退，去年再委託中山大學調查，2020年起啟動人流管制機制的杉福、漁埕尾、肚仔坪三處潮間帶生態，大型底棲無脊椎動物密度雖有穩定回升，但恢復速度緩慢。