台灣沿海的海草生態系受人為干擾影響減少中，海洋委員會海洋保育署與國立中山大學合作，調查台灣周遭海域14處海草床四季現地海草生物及環境資料，分析及建構最適棲地模型，結果顯示澎湖本島沿岸適合復育面積最廣，其次為恆春、新竹及小琉球。