縣府指出，近年委託國立中山大學進行小琉球潮間帶資源調查，顯示小琉球潮間帶近年生物多樣性及密度都大幅衰退，為改善現況，實施許多降低人為干擾的措施，包括要求旅客走在導覽線內、禁止繁殖期夜間導覽及導入預約導覽系統等。