貝克氏鹽草是重要的固碳生物，海草床更是小型無脊椎動物的庇護所，但近年在氣候變遷與海岸開發壓力下，國際自然保育聯盟將其列為「易危」物種，為此，國立中山大學與公私部門近年積極推動復育計畫。