陳鎮東畢業於彰化高中，台灣大學化學工程系，後赴美國邁阿密大學海洋學院進修，分別於1974年和1977年榮獲碩士學位和博士學位；畢業後赴奧勒岡州立大學擔任海洋學院助理教授、副教授。陳院士專攻海洋學，現任中山大學海洋科學系研究講座教授，專注於海洋碳化學與全球變遷的研究。