小琉球疫情前每年高達百萬人次、假日動輒萬人登島，縣府近年委託國立中山大學調查小琉球潮間帶生態資源，發現近年生物多樣性及密度都大幅衰退，為改善現況，實施諸多降低人為干擾的管制措施，包括要求旅客走在導覽線內、禁止繁殖期夜間導覽及導入預約導覽系統等。