縣府自2019年起與中山大學及海生館合作執行小琉球海域資源調查，並在科學論證基礎下，實施數項潮間帶保育示範區的保育措施，以強化管理，包括劃設導覽線、擴大保育區範圍、及導入科技化管理等。今年目前已著手進行珊瑚復育初步評估，並尋找適合發展珊瑚苗圃的海域。