國立中山大學海洋事務研究所特聘教授張水鍇、海洋科學系教授劉莉蓮等人長期關注小琉球，張水鍇說，當地雖有汙水處理設施，卻無法涵蓋劇增的民宿，大量生活廢汙水直接排入海或潮間帶，造成水域優養化、藻類大量增生及海水酸化，也加速海膽侵蝕珊瑚礁速度。