繼強烈颱風莫蘭蒂日前重創南台灣後，緊接而來的梅姬颱風於9月27日登陸，總務處與相關單位近50位同仁留守校園，隨時做好防颱及各項應變措施。9月28日依據高雄市政府公告停班停課，留守同仁仍繼續在崗位待命搶修，目前已恢復校園道路通行，但仍有待修剪之斷樹殘枝及濕黏地面持續清理中，總務處呼籲師生同仁通行時減低速度，確保安全。此外，於9月26日扶正重生之菩提樹，在全體師生的祝福與總務同仁完善的規劃下，雖再經梅姬強風襲擊，毅然挺過此次颱風的考驗。
梅姬來勢洶洶，中山大學26日即召開防颱會議，校長、總務長及環安中心主任會同相關主管於颱風登陸前視察海水、漲潮狀況、學校大排水溝及水閘門運作情形，亦事先進駐機具及堆置沙包，確實防災。27日高雄地區午後風強雨驟，下午4時許西子灣海水倒灌，水閘門關閉，並持續監控水文及抽水站運作情形。在強風吹襲下，文學院附近柴山大道、翠亨道及千光路皆有路樹倒塌，很快就進行搶通，以利通行校內外。
9月28日凌晨連夜大雨，山上泥水沖洩而下，漫流至活動中心前方道路，事先架設的檔水板發揮功能，阻止大水流入地勢較低的圖資大樓及教學區。中山大學在莫蘭蒂颱風中受災最嚴重的逸仙館尚未修復，梅姬颱風帶來的豪雨又再度造成觀眾席、舞台、貓道積水，鄭英耀校長特別會同李志鵬總務長、文學院游淙祺院長及藝文中心李美文主任勘察館舍及設備受損情形。
颱風後，武嶺宿舍區路面破損、海工館屋頂及各大樓樓層積水、樹木倒塌或折斷、門窗破損…等等災情，皆陸續清理及修復中。 總務處表示校園道路已恢復通行，但復原工作仍持續進行，呼籲師生同仁進出校園減低行車速度，確保安全。
