2016年9月14日莫蘭蒂颱風來襲，位於菩提樹廣場上的4棵菩提樹亦受災損，其中3棵樹幹斷裂，特定紀念樹木編號「鼓山009」更被強風吹倒；9月26日中山師生救援扶正「鼓山009」菩提樹並舉行重生儀式。2019年7月25日原菩提樹「升天」，移植校園另一棵菩提樹再生，9月18日秘書室利用原菩提樹老根室內造景，象徵菩提善根導引新生命，以此紀念菩提樹陪伴師生多年情誼。